วีซ่าสามารถแยกประเภทได้ดังนี้
กรณีที่ไม่ต้องยื่นขอวีซ่า ญี่ปุ่น
ตั้งแต่วันทื่ 1 กรกฎาคม 2548 เป็นต้นไป ผู้ที่ถือหนังสือเดินทางทูตและราชการ ที่มีความประสงค์จะเดินทางไปเพื่องานราชการ และพำนักระยะสั้นภายใน 90 วัน ไม่ต้องยื่นขอวีซ่า

ประกาศเปลี่ยนแปลงเวลารับคำร้องขอวีซ่าในช่วงเช้า
เวลาในการรับคำร้องขอวีซ่าญี่ปุ่น เพื่อการพำนักระยะสั้น วีซ่าทรานซิท 8.30 – 11.15 น. / วีซ่าประเภทอื่นๆ 13.30 – 16.00 น.
อนึ่ง การให้บริการของฝ่ายหนังสือเดินทาง ใบสำคัญถิ่นที่อยู่ ทะเบียนครอบครัว และการออกใบรับรองต่างๆของคนญี่ปุ่น ตลอดจนงานฝ่ายการเลือกตั้งในต่างประเทศ และฝ่ายคุ้มครองคนญี่ปุ่นนั้น ยังคงเปิดให้บริการตามเวลาปกติ

อัตราค่าธรรมเนียม การขอวีซ่าญี่ปุ่น
     ค่าธรรมเนียมวีซ่าญี่ปุ่น(ใหม่) สำหรับคนไทย ซึ่งได้ประกาศใช้เมื่อ วันที่ 1 เมษายน 2552 มีรายละเอียดดังต่อไปนี้

วีซ่าทั่วไป 1,000 บาท
วีซ่า Multiple 2,000 บาท (สำหรับการเดินทางหลายครั้ง)
วีซ่าทรานซิท 240 บาท (สำหรับการเดินทางผ่าน)

วีซ่าท่องเที่ยว : สิ่งที่จะต้องเตรียมคือ
1. หนังสือเดินทาง ที่มีอายุใช้งานเหลืออย่างน้อย 6 เดือนและมีหน้าว่าง 2 หน้าขึ้นไป ถ้ามีเล่มเก่าก็เตรียมไปด้วย
2. แบบฟอร์มขอวีซ่า 1 ใบ โดยที่จะใช้แบบฟอร์มของสถานทูตฯ หรือปริ๊นซ์จากเว็บของสถานทูตญี่ปุ่นประจำประเทศไทยก็ได้
3. รูปถ่ายขนาด 2 x 2 นิ้ว สีหรือขาวดำ พื้นหลังสีอ่อน ไม่มีลวดลาย ไม่มีการแต่งภาพถ่าย เห็นหน้าชัดเจน ถ่ายไม่เกิน 6 เดือน 1 ใบ
4. ทะเบียนบ้านฉบับจริงและสำเนา 1 ชุด
5. หลักฐานประกอบการขอวีซ่า
     5.1 ถ้าเป็นพนักงานของรัฐ ของบริษัท หรือข้าราชการ ให้แสดงหนังสือรับรองการทำงานจากหน่วยงานที่สังกัด โดยที่ต้องระบุตำแหน่ง, วันเริ่มทำงาน,
อัตราเงินเดือน และระยะเวลาวันลาพักร้อน อันนี้ไปดูแบบฟอร์มได้ที่บล็อกเรื่องวีซ่าอเมริกาที่ลิงค์นี้

     5.2 ถ้าทำธุรกิจส่วนตัว ให้แสดงหนังสือรับรองจดทะเบียนบริษัทหรือทะเบียนการค้าจากกระทรวงพาณิชย์
     5.3 ถ้าเป็นนักเรียน/นักศึกษาที่มีอายุตั้งแต่ 16 ปีขึ้นไป ให้แสดงหนังสือรับรองสถานภาพการเป็น นักเรียนนักศึกษา และหนังสือรับรองการทำงานหรือหนังสือรับรองจดทะเบียนบริษัทหรือ ทะเบียนการค้าของพ่อ-แม่ หรือคนที่จะจ่ายค่าเดินทางให้
     5.4 ถ้าอยู่ภายใต้การอุปการะเลี้ยงดูของคนอื่น เช่น แม่บ้านที่ไม่ได้ทำงาน ให้แสดงหนังสือรับรองการ ทำงานหรือหนังสือรับรองจดทะเบียนบริษัทหรือทะเบียนการค้าของสามี หรือผู้อุปการะ

*** เอกสารทุกอย่างจะต้องออกไม่เกิน 3 เดือน ในกรณีที่ผู้ยื่นไม่มีอาชีพ หรือประกอบอาชีพ ที่ไม่สามารถแสดงหนังสือรับรองการทำงานหรือหนังสือรับรองจดทะเบียนบริษัท หรือทะเบียนการค้าได้ ต้องทำหนังสืออธิบายอาชีพและรายได้โดยละเอียด  ***

6. ผู้ที่เดินทางเป็นครั้งแรก หากเคยเปลี่ยนชื่อ-สกุล หรือผู้ที่ได้เปลี่ยนชื่อตัวหรือสกุลหลังจาก เดินทางไปญี่ปุ่นครั้งที่แล้ว ให้เตรียมเอกสารแสดงการเปลี่ยนชื่อ-สกุล เช่น ใบเปลี่ยนชื่อ-สกุล, ใบสำคัญการสมรส, ใบสำคัญการหย่า (ถ้ามี) ทั้งฉบับจริงและสำเนา 1 ชุด
7. สมุดบัญชีเงินฝากธนาคารของเราเองหรือของ sponsor ทั้งฉบับจริงและสำเนาทุกหน้า 1 ชุด(ใช้สำหรับยื่นในกรณีที่ผู้ยื่นเป็นผู้รับผิดชอบค่าใช้จ่ายในการเดินทางด้วยตัวเอง ยกเว้นสำหรับ ผู้ยื่นที่เป็นข้าราชการหรือพนักงานบริษัทที่จดทะเบียนในตลาดหลักทรัพย์ หรือพนักงานรัฐวิสาหกิจ หรือมหาวิทยาลัย เป็นต้น ซึ่งมีอัตราเงินเดือนตั้งแต่ 2 หมื่นบาทขึ้นไปและสามารถตรวจสอบได้ จากหนังสือรับรองการทำงาน ไม่ต้องยื่นสมุดบัญชีธนาคาร ทั้งนี้รวมถึงการยื่นสำหรับครอบครัวในความอุปการะของบุคคลดังกล่าวด้วย)

กรณีไปเยี่ยมเพื่อนหรือคนรู้จักที่อยู่ในญี่ปุ่น จะต้องแนบสิ่งเหล่านี้ด้วย

1. เอกสารรับรองเหตุผลในการเดินทาง (แต่ถ้าเคยไปญี่ปุ่นแล้วภายในเวลา 3 ปี สามารถ ยกเว้นเอกสารเหล่านี้)

จดหมายรับรองความสัมพันธ์ (เขียนอธิบายประวัติความเป็นมาและช่วงเวลาที่ได้รู้จักกัน), รูปถ่ายที่ถ่ายด้วยกัน, จดหมายที่ส่งหากัน, สำเนาหนังสือเดินทางของเพื่อนหรือคนรู้จักที่ญี่ปุ่น (ถ่ายสำเนา หน้าที่มีชื่อสกุลและรูป และหน้าที่มีตราอนุญาตการพำนักอาศัย

2. กรณีที่เพื่อนหรือคนรู้จักที่อยู่ในญี่ปุ่น เป็นผู้รับผิดชอบค่าใช้จ่ายในการเดินทาง: ใช้หนังสือรับรองต่อไปนี้ อย่างใดอย่างหนึ่ง ของเพื่อนหรือคนรู้จักที่อยู่ในญี่ปุ่น เช่น หนังสือรับรองการเสียภาษี, หนังสือรับรองบัญชีเงินฝากจากธนาคาร, สำเนาแบบแสดงรายการยื่นภาษีเงินได้, หนังสือรับรองรายได้

สำหรับหนังสือค้ำประกัน จะยื่นด้วยหรือไม่ก็ได้ เอกสารเหล่านี้ไม่มีกำหนดแบบฟอร์ม ของเอกสารสามารถดูจากโฮมเพจของกระทรวงต่างประเทศญี่ปุ่น ภายใต้หัวข้อ ข้อแนะนำในการยื่นวีซ่า แยกตามสัญชาติต่างๆ ลิงค์นี้จะมีตัวอย่างของแบบฟอร์ม ที่สามารถดาวน์โหลดมาใช้ได้

โหลดแบบฟอร์มได้ที่นี่ http://www.th.emb-japan.go.jp/img/visaform.pdf