ราวปี 286 ก่อนคริสตศักราช นายพลจ้วง เฉียว (Zhuang Qiao) แห่งอาณาจักรฉู่ (Chu Kingdom) ซึ่งตั้งอยู่ทางตอนกลางของแม่น้ำแยงซีได้นำทหารเข้าบุกยึดยูนนาน และรวบรวมชนเผ่าต่าง ๆ ที่อาศัยอยู่บริเวณทะเลสาบเตียนฉือ ซึ่งได้แก่ เผ่าเตี้ยน (Dian) เย่อหลาง (Yelang) คุนหมิง (Kunming) และอ้ายลาว (Ailao) เข้าด้วยกัน รวมทั้งได้นำวัฒนธรรมจากบริเวณที่ราบลุ่มแม่น้ำแยงซี ซึ่งมีความเจริญมากกว่า มาเผยแพร่ในเขตยูนนาน

ราวปี 221 ก่อนคริสตศักราช ราชวงศ์ฉิน (Qin Dynasty) ได้รวบรวมประเทศจีนให้เป็นปึกแผ่นได้สำเร็จ โดยจักรพรรดิ์จิ๋นซีฮ่องเต้ ราชวงศ์ฉิน ได้ส่งข้าราชสำนักมาปกครองยูนนานและบริเวณตะวันตกเฉียงใต้ของจีน จึงถือได้ว่ายูนนานเป็นส่วนหนึ่งของประเทศจีนนับแต่นั้นมา ตั้งแต่สมัยราชวงศ์ฉิน จนถึงราชวงศ์ฮั่น (Han Dynasty) ราชสำนักทั้งสองได้ให้ความสำคัญในการพัฒนาเขตเมืองชายแดน โดยเฉพาะยูนนานเป็นอย่างยิ่ง จึงได้มีการจัดตั้งเขตอีโจว (Yizhou Prefecture)ขึ้นให้เป็นเขตการปกครองของโอรสแห่งยูนนาน (Prince of Yunnan) ในปี 109 ก่อนคริสตศักราช มีการตั้งเขตหยงชาง (Yongchang Prefecture) ปัจจุบันคือ เขตเป่าซาน (Baoshan) ซึ่งมีอาณาบริเวณครอบคลุมพื้นที่ส่วนใหญ่ของภาคตะวันตกและตะวันตกเฉียงใต้ ของยูนนาน

ในปี ค.ศ. 707 กองทัพราชวงศ์ถัง (Tang Dynasty) มีชัยชนะเหนือกองทัพทิเบตในเขตทะเลสาบเอ๋อไห่ และได้ช่วยให้เจ้าหญิงแห่งน่านเจ้า (Nanzhao Princesses) ปกครองดินแดนแถบดังกล่าว อาณาจักรน่านเจ้าได้ถือกำเนิดขึ้น โดยมีกษัตริย์ พีล่อโก๊ะ (Piluoge) เป็นผู้ปกครอง ตลอดระยะเวลา 247

ปี ค.ศ. 937 อาณาจักรน่านเจ้า ได้ล่มสลายลง และถูกแทนที่โดยอาณาจักรต้าหลี่ (Dali Kingdom) ซึ่งมีอายุถึง 300 ปี อย่างไรก็ดี การปกครองอาณาจักรต้าหลี่ยังคงขึ้นตรงต่อราชสำนัก ส่วนกลาง และยังคงเป็นเมืองหน้าด่านให้แก่ราชวงศ์เช่นเดียวกับอาณาจักรน่านเจ้า

ในปี ค.ศ. 1253 อาณาจักรต้าหลี่ ถูกโจมตีโดยกองทัพกษัตรย์กุบไลข่าน (Kublai Khan) แห่งมองโกล นำทัพโดย Sayyid Ajall Sham Suddin และพ่ายแพ้แก่กองทัพดังกล่าว หลังจากนั้นจึงย้ายเมืองหลวงจากเมืองต้าหลี่ไปยังนครคุนหมิง

ระหว่างศตวรรษที่ 14 ราชวงศ์หมิง (Ming Dynasty) ได้นำวิธีการปกครอง 2 ส่วน ใช้ปกครองยูนนาน โดยการให้ข้าราชสำนักจากส่วนกลางเดินทางมาปกครองดินแดนชั้นในที่ไม่ติดทะเล (hinterland) และให้ผู้ปกครองท้องถิ่น (chieftains) และผู้นำชาวฮั่น (Han leader) ปกครองดินแดนห่างไกล และเขตชายแดน

ช่วงกลางศตวรรษที่ 17 กองทัพแมนจูเรียได้เข้ายึดครองพื้นที่ส่วนใหญ่ของภาคกลางของจีน ราชวงศ์ชิง (Qing Dynasty) ได้เข้าปกครองยูนนาน และยกเลิกระบบการปกครอง 2 ส่วน มาใช้ระบบการปกครองแบบรวมอำนาจที่ส่วนกลาง ซึ่งเพิ่มความเป็นปึกแผ่นให้ประเทศจีนมากขึ้น

ต้นศตวรรษที่ 20 ยูนนานมีบทบาทสำคัญในการต่อสู้เพื่อเปลี่ยนแปลง (overturned) ระบบการปกครองแบบศักดินาและจักรวรรดิ์ (feudalistic and imperial system) ของราชวงศ์ชิง โดยมีกลุ่มต่อต้านราชวงศ์เพื่อการก่อตั้งรัฐใหม่ขึ้นหลายกลุ่ม เช่น กลุ่ม Hekou Uprisings ในปี ค.ศ. 1907 กลุ่ม September 9th Uprisings ในปี ค.ศ. 1911 และการรณรงค์ต่อสู้เพื่อตั้งรัฐให้ (Republic Defending) ในปี ค.ศ. 1916 เป็นต้น ในปีค.ศ. 1911 ราชวงศ์ชิงได้ล่มสลายลง ประเทศจีนได้เปลี่ยนแปลงการปกครองมาเป็นระบบสาธารณรัฐ ภายใต้การนำของ ดร. ซุน ยัดเซ็น เมื่อสิ้นทศวรรษที่ 1920 ได้มีการแต่งตั้งผู้ว่าการมณฑลยูนนานขึ้น โดยนายหลง หยุน (Long Yun) ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้ว่าการมณฑลยูนนานเป็นคนแรก

ระหว่างสงครามต่อต้านญี่ปุ่น (Anti-Japanese War) นครคุนหมิงถือเป็นเขตพื้นที่ยุทธศาสตร์ของจีนแห่งหนึ่ง และมีการเคลื่อนย้ายโรงงานและโรงเรียนจำนวนมากจากชายฝั่งทะเลตะวันออกและภาค กลางของจีน มายังนครคุนหมิง

เมื่อวันที่ 9 ธันวาคม ค.ศ. 1949 กองทัพประชาชนจีนนำโดยนายพล หลู ฮั่น (Lu Han) ได้เดินทางมายังนครคุนหมิง และได้รับชัยชนะในที่สุด จากนั้นประเทศจีนได้เปลี่ยนแปลงการปกครองมาเป็นระบบสังคมนิยม โดยสถาปนาประเทศสาธารณรัฐประชาชนจีนขึ้นเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม ค.ศ. 1949 ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1950 ได้มีการจัดตั้งรัฐบาลประชาชนมณฑลยูนนานขึ้น โดยมีนายพล หลู ฮั่น ได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้ว่าการมณฑลยูนนานต่อจากนายหลง หยุ